Yên Tử trở thành trung tâm của Phật giáo từ khi vua Trần Nhân Tông từ bỏ ngai vàng khoác áo cà sa tu hành để tìm đến sự thanh tịnh sau khi truyền ngôi và thành lập một dòng Phật giáo đặc trưng của Việt Nam, đó là dòng Thiền Trúc Lâm Yên Tử và trở thành vị tổ thứ nhất với pháp danh Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông (調御覺皇陳仁宗, 1258-1308). Ông đã cho xây dựng hàng trăm công trình lớn nhỏ trên núi Yên Tử để làm nơi tu hành và truyền kinh, giảng đạo.